Вызывать компилятор Kotlin из Java-программы

Есть ли что-то, что позволяет мне скомпилировать программу Kotlin в памяти, например, ECJ (компилятор Eclipse java)?

Да. Я считаю, что K2JVMCompiler удовлетворит ваши потребности.

Я не верю, что вы найдете там много документации. Лучшее место для начала, вероятно, будет в собственных тестах Котля, которые используют класс.